Index

_

__call__() (anndata.experimental.Read method) (anndata.experimental.ReadCallback method) (anndata.experimental.Write method) (anndata.experimental.WriteCallback method)

__getitem__() (anndata.abc.CSCDataset method) (anndata.abc.CSRDataset method)

A

allow_write_nullable_strings (anndata.settings attribute) AnnCollection (class in anndata.experimental) anndata module

AnnData (class in anndata) AnnLoader (class in anndata.experimental) attrs_keys (anndata.experimental.AnnCollection property) AxisStorable (in module anndata.typing)

B

backend (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute)

C

check_uniqueness (anndata.settings attribute) chunk_X() (anndata.AnnData method) chunked_X() (anndata.AnnData method) concat() (in module anndata) concat_on_disk() (in module anndata.experimental)

concatenate() (anndata.AnnData method) convert (anndata.experimental.AnnCollection property) copy() (anndata.AnnData method) CSCDataset (class in anndata.abc) CSRDataset (class in anndata.abc)

D

dtype (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute)

E

encoding_type (anndata.experimental.IOSpec attribute)

encoding_version (anndata.experimental.IOSpec attribute)

F

filename (anndata.AnnData property)

format (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute)

H

has_backed (anndata.experimental.AnnCollection property)

I

ImplicitModificationWarning Index (in module anndata.typing) IOSpec (class in anndata.experimental)

is_view (anndata.AnnData property) isbacked (anndata.AnnData property) iterate_axis() (anndata.experimental.AnnCollection method)

L

layers (anndata.AnnData property)

lazy_attr() (anndata.experimental.AnnCollection method)

M

module anndata

N

n_obs (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property)

n_vars (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property)

O

obs (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) obs_keys() (anndata.AnnData method) obs_names (anndata.AnnData property) obs_names_make_unique() (anndata.AnnData method)

obs_vector() (anndata.AnnData method) obsm (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) obsm_keys() (anndata.AnnData method) obsp (anndata.AnnData property) override() (anndata.settings method)

R

raw (anndata.AnnData property) Read (protocol in anndata.experimental) read_csv() (in module anndata.io) read_dispatched() (in module anndata.experimental) read_elem() (in module anndata.io) read_elem_as_dask() (in module anndata.experimental) read_excel() (in module anndata.io) read_h5ad() (in module anndata.io) read_hdf() (in module anndata.io)

read_loom() (in module anndata.io) read_mtx() (in module anndata.io) read_text() (in module anndata.io) read_umi_tools() (in module anndata.io) read_zarr() (in module anndata.io) ReadCallback (protocol in anndata.experimental) remove_unused_categories (anndata.settings attribute) rename_categories() (anndata.AnnData method) RWAble (in module anndata.typing)

S

settings (in module anndata) shape (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute) (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property)

sparse_dataset() (in module anndata.io) StorageType (in module anndata.experimental) strings_to_categoricals() (anndata.AnnData method)

T

T (anndata.AnnData property) to_adata() (anndata.experimental.AnnCollection method) to_df() (anndata.AnnData method)

to_memory() (anndata.abc.CSCDataset method) (anndata.abc.CSRDataset method) (anndata.AnnData method) transpose() (anndata.AnnData method)

U

uns (anndata.AnnData property)

uns_keys() (anndata.AnnData method) use_sparse_array_on_read (anndata.settings attribute)

V

var (anndata.AnnData property) var_keys() (anndata.AnnData method) var_names (anndata.AnnData property) var_names_make_unique() (anndata.AnnData method)

var_vector() (anndata.AnnData method) varm (anndata.AnnData property) varm_keys() (anndata.AnnData method) varp (anndata.AnnData property)

W

Write (protocol in anndata.experimental) write() (anndata.AnnData method) write_csvs() (anndata.AnnData method) write_dispatched() (in module anndata.experimental)

write_elem() (in module anndata.io) write_h5ad() (anndata.AnnData method) write_loom() (anndata.AnnData method) write_zarr() (anndata.AnnData method) WriteCallback (protocol in anndata.experimental)

X

X (anndata.AnnData property)