Skip to main content
Back to top
Ctrl
+
K
Search
Ctrl
+
K
Tutorials
Getting started with anndata
Interfacing PyTorch models with collections of AnnData objects via
annbatch
Lazily concatenating multiple AnnData objects
Dask Array Support to AnnData
Awkward Arrays in AnnData
Dask + Zarr, but Remote!
Lazily Accessing Remotely Stored Data
zarr-v3 Guide/Roadmap
API
anndata.AnnData
anndata.AnnData.T
anndata.AnnData.X
anndata.AnnData.filename
anndata.AnnData.is_view
anndata.AnnData.isbacked
anndata.AnnData.isview
anndata.AnnData.layers
anndata.AnnData.n_obs
anndata.AnnData.n_vars
anndata.AnnData.obs
anndata.AnnData.obs_names
anndata.AnnData.obsm
anndata.AnnData.obsp
anndata.AnnData.raw
anndata.AnnData.shape
anndata.AnnData.uns
anndata.AnnData.var
anndata.AnnData.var_names
anndata.AnnData.varm
anndata.AnnData.varp
anndata.AnnData.chunk_X
anndata.AnnData.chunked_X
anndata.AnnData.concatenate
anndata.AnnData.copy
anndata.AnnData.obs_keys
anndata.AnnData.obs_names_make_unique
anndata.AnnData.obs_vector
anndata.AnnData.obsm_keys
anndata.AnnData.rename_categories
anndata.AnnData.strings_to_categoricals
anndata.AnnData.to_df
anndata.AnnData.to_memory
anndata.AnnData.transpose
anndata.AnnData.uns_keys
anndata.AnnData.var_keys
anndata.AnnData.var_names_make_unique
anndata.AnnData.var_vector
anndata.AnnData.varm_keys
anndata.AnnData.write
anndata.AnnData.write_csvs
anndata.AnnData.write_h5ad
anndata.AnnData.write_loom
anndata.AnnData.write_zarr
anndata.concat
anndata.io.read_h5ad
anndata.io.read_zarr
anndata.io.read_elem
anndata.io.sparse_dataset
anndata.io.read_csv
anndata.io.read_excel
anndata.io.read_hdf
anndata.io.read_loom
anndata.io.read_mtx
anndata.io.read_text
anndata.io.read_umi_tools
anndata.AnnData.write_h5ad
anndata.AnnData.write_zarr
anndata.io.write_h5ad
anndata.io.write_zarr
anndata.io.write_elem
anndata.AnnData.write_csvs
anndata.AnnData.write_loom
anndata.experimental.AnnCollection
anndata.experimental.AnnCollection.attrs_keys
anndata.experimental.AnnCollection.convert
anndata.experimental.AnnCollection.has_backed
anndata.experimental.AnnCollection.n_obs
anndata.experimental.AnnCollection.n_vars
anndata.experimental.AnnCollection.obs
anndata.experimental.AnnCollection.obsm
anndata.experimental.AnnCollection.shape
anndata.experimental.AnnCollection.lazy_attr
anndata.experimental.AnnCollection.to_adata
anndata.experimental.AnnLoader
anndata.experimental.concat_on_disk
anndata.experimental.read_elem_lazy
anndata.experimental.read_lazy
anndata.experimental.read_dispatched
anndata.experimental.write_dispatched
anndata.experimental.IOSpec
anndata.experimental.Read
anndata.experimental.Write
anndata.experimental.ReadCallback
anndata.experimental.WriteCallback
anndata.experimental.backed.MaskedArray
anndata.experimental.backed.CategoricalArray
anndata.experimental.backed.Dataset2D
anndata.experimental.Dataset2DIlocIndexer
anndata.experimental.StorageType
anndata.register_anndata_namespace
anndata.types.ExtensionNamespace
anndata.ImplicitModificationWarning
anndata.settings
anndata.settings.override
anndata.abc.CSRDataset
anndata.abc.CSCDataset
anndata.typing.Index
anndata.typing.AxisStorable
anndata.typing.RWAble
Concatenation
On-disk format
Interoperability
Benchmarks
Simple benchmarks
Contributing
Release notes
References
.rst
.pdf
anndata.io.write_zarr
Contents
write_zarr()
anndata.io.write_zarr
#
anndata.io.
write_zarr
(
store
,
adata
,
*
args
,
**
kwargs
)
[source]
#
Contents
write_zarr()